പ്ലേഗ് ബാധിച്ച് തൃഷ മരിക്കുമ്പോൾ അവളെ പുനരുജ്ജീവിപ്പിക്കാനുള്ള ശ്രമത്തിൽ സഹോദരങ്ങൾ മനുഷ്യ പരിവർത്തനത്തിന്റെ നിരോധിത ആൽക്കെമിക് ടെക്നിക് അവതരിപ്പിക്കുന്നു. തൽഫലമായി, പരിവർത്തനം തിരിച്ചടിക്കുന്നു, നിയമത്തിൽ തുല്യമായ കൈമാറ്റത്തോടെ, ഇടതു കാലും അൽഫോൺസിന്റെ എഡ്വേർഡിന്റെ മുഴുവൻ ശരീരവും നശിപ്പിക്കപ്പെടുന്നു. അൽഫോൻസിന്റെ ആത്മാവിനെ രക്ഷിക്കാൻ എഡ്വേർഡിന് തന്റെ വലതു കൈ നഷ്ടപ്പെട്ടു, രക്ത മുദ്രയോടുകൂടിയ ഒരു കവചത്തിൽ അതിനെ ബന്ധിച്ചു. ഒരു സ്റ്റേറ്റ് ആൽക്കെമിസ്റ്റിന്റെ ഗവേഷണത്തിനായി അൽഫോൺസിന്റെ ശരീരം പുനഃസ്ഥാപിക്കുന്നതിനുള്ള ഒരു മാർഗമായി മാറാൻ റോയ് മുസ്താങ് എഡ്വേർഡിനെ ക്ഷണിക്കുന്നു. എഡ്വേർഡ് വിജയിച്ചു, അദ്ദേഹത്തിന്റെ പ്രോസ്തെറ്റിക് പോസ്റ്റ് അവയവങ്ങൾ അനുസരിച്ച്, ഫുൾമെറ്റൽ ആൽക്കെമിസ്റ്റ് എന്ന പേരായി മാറി.
മൂന്ന് വർഷത്തിന് ശേഷം, എൽറിക്‌സ് അവരുടെ ലക്ഷ്യങ്ങൾ സാക്ഷാത്കരിക്കാൻ ഐതിഹാസികമായ ഫിലോസഫേഴ്‌സ് സ്റ്റോൺ തിരയുന്നു. മാർക്കോ തന്റെ കുറിപ്പുകൾ അവർക്ക് കണ്ടെത്താൻ അയച്ചു, എന്നിരുന്നാലും, യഥാർത്ഥത്തിൽ കല്ല് നിർമ്മിക്കാനുള്ള പ്രധാന ഘടകം മനുഷ്യ ബലിയാണെന്ന് അവർ മനസ്സിലാക്കുന്നു. മുസ്താങ്ങിന്റെ ചങ്ങാതിയായ മേസ് ഹ്യൂസ് അവരുടെ ഗവേഷണം തുടരുന്നു, പക്ഷേ ഹോമുൻകുലിയുടെ തന്ത്രങ്ങൾ കണ്ടെത്തിയതിന്റെ പേരിൽ വേഷംമാറിയ അസൂയയോടെ വെടിയേറ്റു മരിച്ചു.
ഇസുമിയെ കാണുമ്പോൾ, എൽറിക്‌സ് തന്റെ മരിച്ച കുഞ്ഞിന് മനുഷ്യ പരിവർത്തനം നടത്തിയതായി മനസ്സിലാക്കുന്നു. തെമ്മാടി ഹോമൺകുലസ് ഗ്രീഡ് അൽഫോൺസിനെ പിടികൂടുന്നു, പക്ഷേ അമേസ്ട്രിസിന്റെ പ്രസിഡന്റ് കിംഗ് ബ്രാഡ്‌ലി രക്ഷിക്കുന്നു, ഹോമൺകുലസ് ക്രോധമായി പ്രവർത്തിക്കുന്നതായി കാണിക്കുന്നു. അത്യാഗ്രഹം ഹോമുൻകുലിയുടെ ഉപജ്ഞാതാവായ പിതാവിനാൽ അലിഞ്ഞുചേരുകയും ഉള്ളിൽ വീണ്ടും ആഗിരണം ചെയ്യപ്പെടുകയും ചെയ്യുന്നു. വിൻറിയും എൽറിക്സും സെൻട്രൽ സിറ്റിയിലേക്ക് മടങ്ങുകയും ഹ്യൂസിനൊപ്പം പോകുകയും എന്നാൽ അദ്ദേഹത്തിന്റെ മരണത്തെക്കുറിച്ച് അറിയുകയും ചെയ്യുന്നു. ലെഫ്റ്റനന്റ് മരിയ റോസ് ഹ്യൂസിന്റെ നരഹത്യയ്ക്ക് വേണ്ടി ഫ്രെയിമിലാണ്, പക്ഷേ പ്രത്യക്ഷത്തിൽ മുസ്താങ്ങാൽ കൊല്ലപ്പെട്ടു. എന്നിരുന്നാലും, റോസിന്റെ വേർപാട് അരങ്ങേറിയതാണെന്ന് എഡ്വേർഡ് മനസ്സിലാക്കുന്നു, അതിനാൽ അവളെ മുസ്താങ്ങ് യുണൈറ്റഡ് സ്റ്റേറ്റ്സിൽ നിന്ന് സിങ്ങിലേക്ക് കടത്താൻ കഴിയും, സിംഗ്‌സെ രാജകുമാരൻ ലിംഗ് യാവോയുടെ സഹായത്താൽ. ഹോഹെൻഹൈമിനെ എഡ്വേർഡ് വീണ്ടും കണ്ടുമുട്ടുന്നു, എന്നാൽ താമസസ്ഥലത്ത് ദീർഘകാലം അഭാവത്തിൽ അവനെ പുച്ഛിക്കുന്നു.
ആഖ്യാനം പുരോഗമിക്കുമ്പോൾ, ഹോമൺകുലികളെ നായകന്മാർ ആവർത്തിച്ച് കണ്ടുമുട്ടുന്നു. മുസ്താങ് കാമത്തെ കൊല്ലുന്നു; മുസ്താംഗും ലിംഗും ഗ്ലൂട്ടണിയെ പിടികൂടുന്നു, എന്നിരുന്നാലും, അവൻ അസൂയയെ തന്റെ ശൂന്യതയിലേക്കും എഡ്വേർഡ്, ലിംഗിനെപ്പോലെയുള്ള വയറിലേക്കും വിഴുങ്ങുന്നു. ആഹ്ലാദപ്രിയൻ അൽഫോൺസിനെ പിതാവിനെ കാണാൻ കൊണ്ടുപോകുന്നു, എന്നാൽ മറ്റുള്ളവർ ആഹ്ലാദത്തിന്റെ വയറ്റിൽ നിന്ന് രക്ഷപ്പെടുമ്പോൾ ലിംഗ് വലതുവശത്ത് ഒരു ഹോമൺകുലസായി മാറുന്നു, പ്രത്യേകിച്ചും അത്യാഗ്രഹത്തിന്റെ ഏറ്റവും പുതിയ അവതാരം. എൽറിക്‌സിനെ പിതാവ് എതിർക്കുന്നില്ല എന്നതിനാൽ അവരുടെ പിന്തുടരൽ തുടരാൻ വിട്ടയച്ചു.
ബ്രിഗ്‌സിന്റെ അടിയിൽ ഒരു ഭൂഗർഭ തുരങ്കം കണ്ടെത്തി, ജനറൽ ഒലിവിയർ ആംസ്‌ട്രോങ് പിതാവിനെയും എൽറിക്‌സിനെയും കണ്ടെത്തുന്നത് ഒരു ദേശീയ പരിവർത്തന ഗ്രൂപ്പ് സൃഷ്‌ടിക്കുകയും അതിലെ പൗരന്മാർക്ക് ദൈവത്വത്തിലേക്ക് ഉയരാൻ കഴിയുകയും ചെയ്യുന്നു. അത്യാഗ്രഹം പിതാവിനെയും അവന്റെ മുൻകാല ഓർമ്മകളെയും ഒറ്റിക്കൊടുക്കുന്നു, ശേഷം, കിംബ്ലി ഹോഹെൻഹൈമിന്റെ ചിമേര മിനിയൻമാരായ എഡ്വേർഡ് എന്നിവരുമായി ഒത്തുചേരുന്നു. താൻ മർത്യനല്ലെന്ന് ഹോഹെൻഹൈം തന്റെ മക്കളോട് വ്യക്തിപരമായി വെളിപ്പെടുത്തുന്നു, നാനൂറ് വർഷങ്ങൾക്ക് മുമ്പ് പിതാവ് ഒരു ജീവനുള്ള തത്ത്വചിന്തകന്റെ ശിലയാക്കി മാറ്റി.
വാഗ്ദാന ദിനം വരുന്നു, ഗ്രഹണത്തോടെ തന്റെ തന്ത്രം ആരംഭിക്കാൻ പിതാവ് തയ്യാറെടുക്കുന്നു, കൂടാതെ മനുഷ്യ പരിവർത്തനത്തിന് ശ്രമിച്ചവരെ തന്റെ ത്യാഗങ്ങൾ അനിവാര്യമാണ്. വിവിധ കഥാപാത്രങ്ങൾ പിതാവിന്റെ കൂട്ടാളികളുമായി ഏറ്റുമുട്ടുന്നു, എല്ലാ ഹോമുൻകുലികളും കാലഹരണപ്പെടുന്നു. നിർബന്ധിത മുസ്താങ്ങിനെ പിന്തുടർന്ന്, എൽറിക്‌സ്, ഇസുമി, ഹോഹെൻഹൈം എന്നിവ ശേഖരിക്കപ്പെടുന്നു, കാരണം അച്ഛൻ ദേശീയ പരിവർത്തനം സജീവമാക്കുന്നു. എന്നിരുന്നാലും, സ്‌കാറും ഹോഹെൻഹൈമും അമേസ്ട്രിയൻമാരെ പ്രതിരോധ നടപടികളിലൂടെ രക്ഷിക്കാൻ സജീവമാക്കുന്നു. പിതാവ് അത്യാഗ്രഹം നശിപ്പിച്ചു, എന്നിരുന്നാലും, പിതാവ് തത്ത്വചിന്തകന്റെ കല്ല് തകർക്കാൻ നായകന്മാർ അവനോട് യുദ്ധം ചെയ്യുന്നു.
പിതാവിനെതിരായ അവസാന പോരാട്ടത്തിലൂടെ കവചം പൂർണ്ണമായും നശിച്ച അൽഫോൺസ്, വലതു കൈ വീണ്ടെടുക്കാൻ അവന്റെ ആത്മാവിനെ നൽകുന്നു, അവൻ പിതാവിന്റെ കല്ല് നശിപ്പിക്കുന്നു, അവനെ എഡ്വേർഡിന്റെ സത്യത്തിന്റെ കവാടത്തിലേക്ക് തിരിച്ചയക്കുന്നു. ആത്മാവിനെയും അൽഫോൻസിന്റെ ശരീരത്തെയും വീണ്ടെടുക്കാൻ ആൽക്കെമി ചെയ്യാനുള്ള തന്റെ ശക്തി എഡ്വേർഡിന് നഷ്ടമാകുന്നു. ഹോഹെൻഹൈം തൃഷയുടെ ചിരിയോടെ മരിക്കുന്ന ശവക്കുഴി കാണുന്നു.
