2065 ൽ, നോവ എന്നറിയപ്പെടുന്ന അധിക അളവിലുള്ള അന്യഗ്രഹജീവികളുമായുള്ള യുദ്ധത്തിന്റെ കേന്ദ്രമാണ് ഭൂമി. അമാനുഷിക പോരാട്ട ആയുധ സംവിധാനങ്ങളും കഴിവുകളും കാണിക്കുന്നതിന് സ്റ്റിഗ്മാറ്റ (സീകോൺ) എന്ന പ്രത്യേക ജനിതക ടിഷ്യു ഉപയോഗിക്കാൻ കഴിയുന്ന പെൺമക്കളായ പണ്ടോറസിനെ സായുധ സേന വികസിപ്പിക്കുകയും പരിശീലിപ്പിക്കുകയും ചെയ്യുന്നു. പണ്ടോറകളെ പിന്തുണയ്ക്കുന്നത് ലിമിറ്റേഴ്സ് എന്ന പുരുഷ പങ്കാളികളാണ്, അവർ അവരുടെ മത്സര സ്വാതന്ത്ര്യത്തെ നിയന്ത്രിക്കുന്നതിന് പ്രത്യേക “മരവിപ്പിക്കൽ” ശക്തികൾ ഉപയോഗിക്കുന്നു.
ഈ പരിമിതികളിൽ ആരെങ്കിലും കസൂയ അയോയിയാണ്, അദ്ദേഹത്തിന്റെ പരേതയായ സഹോദരി പണ്ടോറയായിരുന്നു. ജപ്പാനിലെ വെസ്റ്റ് ജനിറ്റിക്സ് അക്കാദമിയിൽ പഠിക്കുന്നതിനിടയിൽ കസൂയ, പണ്ടോറ, സാറ്റലൈസർ എൽ ബ്രിഡ്ജറ്റ്, തൊട്ടുകൂടാത്ത രാജ്ഞി എന്ന് വിളിപ്പേരുള്ള, അവളുടെ കഠിനമായ ശൈലിയിലും അവളുടെ അങ്ങേയറ്റത്തെ അഫെഫോബിയയിലും കണ്ടുമുട്ടുന്നു. സാറ്റലൈസറിൽ നിന്ന് വിട്ടുനിൽക്കാൻ അവന്റെ സഹപാഠികളിൽ നിന്ന് മുന്നറിയിപ്പുകൾ നൽകിയിട്ടും, അവൾ കസുവയുമായി ചങ്ങാത്തത്തിലാകുന്നു, മാത്രമല്ല അവളുടെ പരിമിതിയാകാൻ അഭ്യർത്ഥിക്കുന്നു. മാറുന്ന സ്ഥാനങ്ങളും കോഴ്സുകളും എതിർക്കുന്ന കോളേജ് എതിരാളികൾക്കെതിരായ നിരവധി പോരാട്ടങ്ങളിലൂടെ പിന്തുണച്ചതിന് ശേഷം കസൂയ തന്റെ ആത്മാവിന്റെ ഇണയാണെന്ന് വിശ്വസിക്കുന്ന റാണ ലിൻചെൻ എന്ന പ്രണയബന്ധത്തിൽ ഉടൻ തന്നെ പങ്കെടുക്കുമെങ്കിലും സാറ്റലൈസർ അവനുമായി സഹവസിക്കാൻ സമ്മതിക്കുന്നു. സ്ഥാപനത്തിന്റെ ഭൂഗർഭ ലബോറട്ടറിയിലേക്ക് പ്രവേശനം നേടുന്നതിന് പണ്ടോറസിനെ അവരുടെ നിയന്ത്രണത്തിലാക്കി നോവാസ് അവരുടെ കോളേജിനെ ആക്രമിക്കുമ്പോൾ, അവരുടെ മത്സരം മാറ്റിവയ്ക്കുന്നു.
സാറ്റലൈസറും കസൂയയും വെസ്റ്റ് ജനിറ്റിക്സ് വിദ്യാർത്ഥികളിൽ ചിലരെ അലാസ്കയിലെ ഒരു ലബോറട്ടറിയിൽ ചേരുന്നു, അവിടെ അവർ പരിണാമ പണ്ടോറ (ഇ പണ്ടോറ) ചുമതലയുമായി സഹകരിച്ച് പ്രവർത്തിക്കാം, സാധാരണ സ്ത്രീകൾക്ക് സ്റ്റിഗ്മാറ്റ ട്രാൻസ്പ്ലാൻറ് പണ്ടോറകളാകാൻ അനുവദിക്കുന്നു. ഇ പണ്ടോറകളിലൊരാൾ ശക്തമായി പോകുമ്പോൾ, മറ്റുള്ളവർ പരീക്ഷണത്തിലെ മരുന്നുകൾ അപകടകരമല്ലേ എന്ന് പുറപ്പെടുവിക്കുന്നു, പക്ഷേ ബിസിനസ്സ് ഓർഗനൈസേഷന്റെയും മാനേജരുടെയും ആഗ്രഹങ്ങൾ അനുസരിക്കുന്നതിന് വേണ്ടിയാണ് ഇവ നിർമ്മിക്കുന്നത്. അവ ചെലവഴിക്കപ്പെടുന്നതുവരെ അവ ഉപയോഗപ്പെടുത്തുമെന്ന് കണ്ടെത്തിയപ്പോൾ, ഇ-പണ്ടോറ അമേലിയ ഇവാൻസ് ഒരു കലാപം നയിക്കുന്നു, അത് നോവ ഏറ്റുമുട്ടലിൽ പൂർണ്ണമായും വർദ്ധിക്കുന്നു.
തന്റെ കുടുംബത്തെ നോവയുമായും പണ്ടോറയുമായും ഉള്ള ബന്ധത്തെക്കുറിച്ച് കസുയ കൂടുതലറിയുന്നു. കസൂയയുടെ മുത്തച്ഛനായ ഗെംഗോ അയോയി ഒരേ ജോലി കണ്ടെത്തി, ഇത് റാണയെയും സാറ്റലൈസറെയും വാൽക്കറീസ് എന്ന സ്ത്രീകളുമായി ഒരു അദ്വിതീയ ടീമിലേക്ക് സജ്ജമാക്കുന്നു. എന്നിരുന്നാലും, ഇഷ്‌ടാനുസൃതമായി രൂപകൽപ്പന ചെയ്ത നോവയുമായുള്ള പ്രകടന പ്രവർത്തനത്തിലുടനീളം, പണ്ടോറകൾ വഞ്ചന അനുഭവിക്കുന്നു, അതുപോലെ തന്നെ ഡമ്മി നോവകളും ജനിതകശാസ്ത്രത്തെ നിർണ്ണയിക്കുന്ന നൂറുകളുടെ നോവയുടെ ഒരു സൈന്യമായി മാറുന്നു. കസൂയയുടെ അമ്മായിമാരായ ലെജൻഡറി പണ്ടോറകളെ അഴിച്ചുവിട്ടാണ് ജെംഗോ ഇതിനെ എതിർക്കുന്നത്. ലെജൻഡറി പണ്ടോറകളിൽ ചിലർ മാരകമായ നോവകളായി മാറുമ്പോൾ, ബസ്റ്റേഴ്സ് എന്ന് വിളിക്കപ്പെടുന്ന നിരവധി കുറ്റവാളികളെ നിയമിക്കുന്ന ഗെംഗോയെ വധിക്കാനുള്ള ഷെവലിയർ ശ്രമം, എന്നാൽ നിയമനം വേറിട്ടുനിൽക്കുന്നു.
